东南大学交通学院的前身可追溯到上世纪二、三十年代的国立东南大学交通运输系及国立中央大学土木工程系的路工组，50～80年代南京工学院土木工程系的道路教研组，1987年成立的运输工程研究所，1989年成立的交通运输工程系。

1995年，东南大学为适应当时国家对交通建设人才急切需求的大好形势及加强交通运输学科建设的需要，在原运输工程研究所、交通运输工程系的基础上组建成立交通学院。

2000年4月，原东南大学与（交通部）原南京交通高等专科学校、（铁道部）原南京铁道医学院、（国土资源部）原南京地质学校合并，成立新东南大学。其中，原南京交通高等专科学校及原南京地质学校的部分学科、专业并入交通学院，组建成立新交通学院。

交通学院包含6大学科方向、7个系、38个科研团队（中心），形成了以交通运输工程国家一级重点学科为核心，以交通运输规划与管理、道路与铁道工程2个国家二级重点学科为龙头，以交通信息工程及控制、载运工具运用工程、岩土工程江苏省重点学科、桥梁与隧道工程博士点学科为支撑，交通测绘与信息技术、交通安全工程、交通地下工程、港口航道工程学科为生长点的学科布局。以“系+科研团队（中心）”为核心建立教学科研管理制度，并建立跨学科的新型科研团队（中心），实现科学研究、人才培养与社会服务的一体化。

交通学院目前有教职工336人（不含ITS，ITS人事单列），在编教职工237人，人事代理及聘用人员99人。专任教师190人，其中，中国工程院院士1人、国家教学名师2人、国家高层次人才计划15人、国家青年人才计划9人。博士生导师95人，教授72人，副教授81人；有博士学位的教师164人，有硕士学位的教师22人。