根据国家财政部、教育部的相关文件精神，所有纳入招生计划的研究生都要缴纳学费，经江苏省物价主管部门核准，2021年东南大学非全日制研究生学费标准如下：
| 项目 | 专业 | 学制 | 标准 | 单位 |
| 非全日制专业学位 | 公共卫生硕士 | 3年 | 15000 | 元/生·年 |
| 护理硕士 | 3年 | 18000 | 元/生·年 |
| 公共管理硕士 | 3年 | 22000 | 元/生·年 |
| 工程管理硕士 | 3年 | 30000 | 元/生·年 |
| 会计硕士 | 2.5年 | 37000 | 元/生·年 |
| 金融硕士 | 3年 | 20000 | 元/生·年 |
| 工商管理硕士MBA | 3年 | 共170000 | 元/生 |
| 高级管理人员工商管理硕士EMBA | 3年 | 共290000 | 元/生 |
